Co i jak badamy

Co oceniamy?

Oceniamy ryzyko zachorowania na raka piersi i prostaty. Proponujemy zastosowanie wieloczynnikowych modeli oceny ryzyka, które wykorzystują dane kliniczne podane przez osobę badaną (wiek, liczba krewnych z chorobą, wiek urodzenia 1. dziecka, stosowane leki etc.) oraz dane dotyczące występowania mutacji w którymś z 14 genów rekomendowanych przez towarzystwa lekarskie.

Nie planujemy oceniać ryzyka zachorowania na wszystkie nowotwory, ale skupimy się na raku piersi i prostaty, dla których dostępne dane (i wynikające z nich międzynarodowe wytyczne) pozwalają na ocenę korzyści płynących dla poszczególnych uczestników badania.

Jaki jest cel badania?

Głównym celem jest przedstawienie uczestnikom programu zalecanych działań ochronnych (mammografia, USG etc.) zgodnie z ich własnym ryzykiem zachorowania, co można określić na podstawie danych klinicznych i badań genetycznych. Obecnie zalecane działania profilaktyczne nie uwzględniają osobistej sytuacji konkretnego pacjenta np. obciążenia rodzinnego chorobą nowotworową. Stratyfikacja populacji zgodnie z ryzykiem kliniczno-genetycznym pozwoli na skuteczniejszą profilaktykę, również dla osób, które dzisiaj umierają przed osiągnięciem wieku, w którym typowo rozpoczynamy profilaktykę.

Jaka jest korzyść z wykonania badania?

Znając swoje własne ryzyko zachorowania na raka:

  • można podjąć działania zabezpieczające przed konkretną chorobą; w przypadku części chorób nowotworowych wiedzieć i działać, znaczy nie zachorować;
  • można podjąć działania prowadzące do wczesnego rozpoznania choroby; wczesne rozpoznanie, to większe szanse na skuteczne wyleczenie;
  • można pomóc swoim dzieciom: dzieci obciążonych pacjentów wymagają specjalnej opieki.

Jakie geny badamy?

U każdego uczestnika badania, analizujemy 14 genów, których sekwencje zostaną odczytane z wykorzystaniem technologii sekwencjonowania nowej generacji (NGS) oraz wykorzystane przy ocenie ryzyka zachorowania na raka piersi i prostaty:

ATM, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, NBN, NF1, PALB2, PTEN, RAD51C, RAD51D, STK11, TP53

Dodatkowo, jeśli osoba badana wyrazi takie życzenie (zaznaczając to w formularzu zgody na badanie), analizujemy 56 genów, których sekwencje zostaną odczytane z wykorzystaniem technologii sekwencjonowania nowej generacji (NGS), ale nie zostaną wykorzystane w prowadzonej aktualnie ocenie ryzyka zachorowania na raka piersi i prostaty:

AKT1; APC; ATP9B; AXIN2; BARD1; BMPR1A; CDKN2A; CTNNA1; CYP21A2; DIRC3; EPCAM; EXO1; FANCC; FH; FLCN; GALNT12; GDNF; GREM1; HNF1A; HNF1B; KIF1B; MAX; MC1R; MEN1; MET; MITF; MLH1; MLH3; MRE11A; MSH2; MSH6; MUTYH; PIK3CA; PMS1; PMS2; POLD1; POLE; POT1; PRKAR1A; PRSS1; PTCH1; RET; SDHA; SDHAF2; SDHB; SDHC; SDHD; SMAD4; TGFBR2; TMEM127; TSC1; TSC2; VHL; WT1; XRCC2; XRCC3

Uzyskane sekwencje 56 genów zostaną przeanalizowane, ale przy ocenie ryzyka zachorowania na raka piersi i prostaty wykorzystamy je dopiero po wprowadzeniu badanego genu na listę genów rekomendowanych do badania przez towarzystwa lekarskie, w szczególności National Comprehensive Cancer Network.

Jeśli w wymienionych 56 genach znaleziony zostanie wariant o udokumentowanym związku z ryzykiem zachorowania na inne nowotwory, poinformujemy o tym i przekażemy stosowne rekomendacje, należy jednak pamiętać, że nie dla każdego genu z tej listy istnieją jednoznaczne rekomendacje towarzystw lekarskich odnośnie postępowania profilaktycznego.

W jaki sposób badamy geny?

Badanie jest wykonywane przy użyciu sekwencjonowania nowej generacji (NGS), dzięki czemu uzyskujemy pełne sekwencje 14 genów (albo 14+56 genów), nie ograniczając się do wybranych punktów w tych genach. Typowo analizuje się 5 punków w genie BRCA1 i 3 punkty w genie BRCA2, podczas gdy chorobotwórczych zmian w obu genach jest ponad 3 tysiące. W naszym badaniu analizujemy 14 genów, w każdym średnio 1500 potencjalnie uszkadzających zmian (w sumie ponad 20 000 potencjalnie uszkodzonych punktów).

W każdej rundzie badania analizujemy 600 osób (nie mniej, nie więcej). Oznacza to, że aby wykonać kolejną rundę analizy, trzeba każdorazowo zebrać 600 osób. Taka grupa umożliwia wykonanie pojedynczego badania za 399zł, zamiast 8000zł (typowa cena europejska). Obniżenie kosztu wynika z naszej nowatorskiej metody, w której szukając mutacji u konkretnej osoby, wykorzystujemy informację zawartą w całej puli 600 próbek.

Do oceny ryzyka zachorowania na nowotwory dziedziczne wykorzystywane będą jedynie informacje odnoszące się do znalezionych wariantów genetycznych (substytucji, punktowych delecji i insercji), określonych jako patogenne i potencjalnie patogenne. Stosowana metoda nie daje możliwości zidentyfikowania dużych delecji/insercji i rearanżacji badanych genów.